Nach dem Studium der Politikwissenschaft, Germanistik und Soziologie in Münster, Freiburg i.Br. und Hamburg und einem Diplom in Politologie (1988) war Andreas Anter zunächst Wissenschaftlicher Mitarbeiter am Lehrstuhl für Politische Theorie an der Universität Hamburg, wo er 1994 über „Max Webers Theorie des modernen Staates“ promovierte (3. Aufl. Duncker & Humblot 2014). Anschließend war er sieben Jahre Literaturlektor im Rowohlt Verlag (Reinbek bei Hamburg) und Programmchef des Reclam Verlags Leipzig, bevor er an die Universität zurückging und sich 2003 an der Universität Leipzig habilitierte.

Nach Vertretungsprofessuren für das Politische System Deutschlands (Leipzig ) und für Politische Theorie (Bremen) wurde er 2008 Professor für das Politische System Deutschlands an der Universität Leipzig, bevor er 2013 an die Universität Erfurt auf den Lehrstuhl für Politische Bildung berufen wurde.