Die Reduktion einer Theorie oder Disziplin auf eine andere ermöglicht es, die Ergebnisse der reduzierten Theorie oder Disziplin aus der reduzierenden zu erhalten. Im Unterschied dazu ist eine Theorie, die emergente Phänomene beschreibt, unabhängig von augenscheinlich zugrunde liegenden Theorien.
Fragen der Emergenz und Reduktion bestimmen, wie viel eine Disziplin von einer anderen übernehmen kann, und zu einem gewissen Grade auch welche Formen wissenschaftliche Theorien in verschiedenen Disziplinen annehmen können. Erfolgreiche Reduktionen geben den reduzierenden Theorien größeres Gewicht im Erkenntnisgewinn und wohl auch größeres Anrecht auf Forschungsmittel. Der Beweis einer Emergenzbeziehung ist hingegen ein Hinweis darauf, dass die Disziplin, die sich mit den emergenten Phänomenen befasst, nicht durch Forschung in anderen Bereichen ersetzt werden kann und daher eigene Forschungsmittel erfordert. Weiterhin machen es stärkere Beziehungen zwischen den Disziplinen schwierig, an einer kleine Menge ausgewählter Theorien zu zweifeln ohne den Rest der Wissenschaften anzutasten. Dies ist zum Beispiel beim politisch motivierten selektiven Misstrauen gegenüber der Evolutionstheorie, der Klimaforschung, oder der Gentechnik wichtig.
Das zentrale Problem der Diskussion über Emergenz und Reduktion ist, dass die beiden Begriffe, besonders der der Emergenz, nicht klar bestimmt sind. Im Rahmen des CAS-Schwerpunktes werden daher ohne vorgefasste Begriffe der Reduktion und der Emergenz die Beziehungen zwischen wissenschaftlichen Theorien analysiert werden, um davon ausgehend Begriffe der Reduktion und Emergenz zu entwickeln, die sich in den Wissenschaften anwenden lassen. Die Beziehungen der Wissenschaften untereinander und selbst die Beziehung einzelner Theorien innerhalb der Wissenschaften ist jedoch alles andere als einfach. Aus diesem Grund wird der CAS-Schwerpunkt sich in jedem Jahr neben allgemeinen Fragen zur Reduktion und Emergenz einem speziellen Wissenschaftszweig widmen. Im ersten Jahr wird das die Physik sein, im folgenden Jahr werden zuerst die Ökonomie und die Sozialwissenschaften und danach die kognitive Psychologie und die Neurowissenschaften im Vordergrund stehen. Dieser Fokus auf intertheoretische Beziehungen erlaubt, unabhängig von der Reduktionsdebatte, direkte Ergebnisse zu den Grundlagen der jeweiligen Wissenschaften. Darauf aufbauend ergeben sich Resultate für die Reduktionsdebatte im Allgemeinen und in den jeweiligen Wissenschaften im Besonderen.
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